采用低温对番茄浓缩物进行冻结，然后在高真空状态下水分进行升华而进行干燥。所得番茄仍然保留它们原有的结构，而不损害它原来的形状和大小。因此，冷冻干燥的颗粒具有多孔结构，保留着原来由水分所占据的空间而没有塌陷，从而有利于产品的迅速复水。但是该法能耗大，而且冷冻干燥设备非常昂贵，从而得到的产品成本高。