在水产养殖中，常用的一些菌种可以降低pH值，包括以下几种：

1.  乳酸菌：乳酸菌可以利用糖类等有机物质产生乳酸，使水体中的pH值降低。在水产养殖中，可以利用乳酸菌对水质进行调节，保持水体的酸碱平衡。

2.  醋酸菌：醋酸菌可以利用有机物质产生醋酸，也可以将二氧化碳转化为碳酸氢盐，从而使水体中的pH值降低。

3.  硝化细菌：硝化细菌可以将氨氮转化为硝酸盐，这个过程中产生的酸性物质可以降低水体的pH值。

需要注意的是，对于不同的水产养殖系统，选用的菌种可能会有所不同，因此在具体的实践中需要结合实际情况进行选择和应用。同时，应注意控制菌群的数量和比例，以避免对生态环境造成不良影响。