市政乙级轨道交通工程专业承包资质申请的难点主要包括以下几个方面：

1. **技术力量要求高**：
   - 难点：轨道交通工程具有高度的技术密集性和复杂性，需要企业具备一定数量且技术水平较高的专业技术人才，如注册建造师（市政公用工程或机电安装工程专业）、**工程师以及相关专业的中级职称技术人员。
   - 对策：积极引进和培养技术人才，提供持续的专业培训，确保人员配置满足资质标准，并保留完整的劳动合同、社保缴纳证明等材料。

2. **设备设施齐全****：
   - 难点：轨道交通工程施工需要用到大量专业且**的机械设备，对企业的设备投资和技术装备水平有较高要求。
   - 对策：合理规划和投入购置或租赁必要的施工设备，确保能够独立完成中型及以下规模的轨道交通工程项目，并形成清晰的设备清单和采购记录。

3. **项目业绩积累**：
   - 难点：申报资质往往需要企业提供一定的项目业绩作为能力证明，而轨道交通工程项目的获取和实施通常竞争激烈，不易取得。
   - 对策：积极参与各类招投标活动，通过合作或分包形式参与轨道交通工程项目，逐步积累有效业绩。同时，妥善保存并整理好中标通知书、合同协议书、竣工验收报告等相关资料。

4. **质量管理体系与安全规范**：
   - 难点：建立完善的质量管理体系并通过认证，同时在施工过程中严格遵守安全生产法规，是资质申报的重要条件之一。
   - 对策：引入ISO 9001质量管理体系，建立健全安全生产责任制，定期进行内部审核和外部评审，确保体系运行的有效性，并及时更新和完善规章制度。

5. **资金实力与信用状况**：
   - 难点：企业在注册资本、净资产等方面需达到一定的财务指标，并保持良好的信用记录。
   - 对策：合理安排公司运营和资本结构，确保达到资质规定的**注册资本和净资产要求，同时注重维护企业信用，避免发生不良信用事件。

总结来说，面对以上这些难点，企业应采取积极主动的策略，从人才培养、设备采购、项目经验积累、质量安全管理以及财务管理等多个维度全面提升自身实力，以顺利申请到市政乙级轨道交通工程专业承包资质。同时，关注国家及地方政策动态，严格按照**的资质管理规定进行申报准备。