一、ISO9001质量管理体系、ISO14001环境管理体系和ISO45001职业健康安全管理体系三体系标准均有对内部审核的要求，但规定不。
二、内部审核时间的规定不一样：ISO9001质量管理体系标准要求按策划时间间隔；ISO14001环境管理体系标准要求按计划的时间间隔；ISO45001职业健康安全管理体系标准要求定期开展职业健康安全管理体系审核，因此，应明确审核的周期。
三、三个体系的要求不同。质量体系要满足质量管理和对顾客满意的要求，环境管理体系要服从众多相关方的需求，特别是法规的要求，职业健康安全管理体系关注组织内部员工的人身权利。 ISO9000标准是对顾客承诺；ISO14000标准是对**、社会和众多相关方（包括股东、保险公司等等）承诺；ISO45001是对员工及社会等相关方承诺。
以上就是ISO三体系认证的区别，正是因为三体系认证的重点不一样，对于企业意义重点也不一样。企业申请ISO三体系的效益如下：
1、质量管理体系：稳定服务质量，减少客户投诉，为客户和潜在的客户提供信心，提高企业信誉，直接有利于拓展市场。
2、环境管理体系：节约能源资源，降低企业各种管理成本和损失成本；持续达到排放、减少排污费用，提高效益，提高市场竞争力，为保护环境作贡献。
3、职业健康安全管理体系：提升公司的企业形象；增强公司凝聚力；减少企业经营的职业安全卫生风险，达到企业永续经营；进行内部管理改善，避免职业安全卫生问题所造成的直接/间接损失；善尽企业的国际/社会责任；顺应国际贸易的新潮流，突破贸易壁垒。
ISO三体系是企业的万金油，各行各业的招投标都需要ISO三体系资质证书，企业如未申请ISO三体系证书，尽快申请，以备将来之需。